Charles Morerod wurde am 28. Oktober 1961 in Riaz (FR) geboren.
Nach der Matura in sprachlicher Richtung am Collège du Sud in Bulle trat er 1983 in den Predigerorden der Dominikaner ein und studierte an der Universität Freiburg Theologie. Im Jahr 1987 erlangte er ein erstes Lizenziat in Theologie mit einer Lizenziatsarbeit bwz. Abhandlung über die Ekklesiologie von Kardinal Journet. Am 30. April 1988 wurde Charles Morerod in Genf zum Priester geweiht. Dort war er zwei Jahre in der Pfarrei Saint-Paul in Granges-Canal tätig.
Von 1989 bis 1992 war er als Assistent an der Theologischen Fakultät in Freiburg und von 1991 bis 1994 als Hochschulseelsorger tätig. 1994 wurde er zum Doktor der Theologie promoviert, Thema seiner Dissertation war die Konfrontation zwischen Martin Luther und Kardinal Caetano in Augsburg 1518. In den Jahren 1994 bis 1999 war er Lehrbeauftragter in Fundamentaltheologie an der Universität Freiburg. Gleichzeitig erlangte er 1996 ein Lizenziat in Philosophie 1996 mit einer Lizenziatsarbeit über die Natur bei Aristoteles und Kant.
Seit 1997 ist er Mitglied der Redaktion der französischen Ausgabe von Nova et Vetera, einer christlichen Zeitschrift mit Beiträgen zu Theologie, Philosophie, Ethik, Kunst, Wissenschaft, Politik usw.
Nachdem er drei Jahre als Gastprofessor an der päpstlichen Universität Thomas von Aquin-Angelicum in Rom unterrichtet hatte, wurde Charles Morerod 1999 zum ordentlichen Professor ernannt. Gleichzeitig, 1999 bis 2002, unterrichtete er Theologie an der Universität in Lugano. Im Jahr 2002 wurde er Mitglied des wissenschaftlichen Vorstandes des Instituts Paul VI. in Brescia — eines Instituts, das Leben und Werk von Papst Paul VI. erforscht, indem es insbesondere internationale Tagungen durchführt. 2003 wurde er Vizedekan der Theologischen Fakultät und Dekan der Philosophischen Fakultät am Angelicum. 2004 erwarb er sich ein Doktorat in Philosophie an der Katholischen Universität von Toulouse. Seine Dissertation handelte von dem liberalen britischen Protestanten John Hick, einem grossen Theoretiker des religiösen Pluralismus. 2007 war er Gastprofessor im Blessed Diego Luis de San Vitores Catholic Theological Institute for Oceania in Guam. Von 2008 bis 2011 wirkte er als Direktor des Programms Roman Catholic Studies der Universität St-Thomas (St. Paul, Minnesota), dessen Ziel es ist, ein halbjähriges Studienprogramm in Rom (Theologie, Philosophie und Kunstgeschichte usw.) für amerikanische Studierende zu organisieren.
Charles Morerod hat verschiedene Ämter in offiziellen Kommissionen des Heiligen Stuhls für den Dialog inne. Er war Mitglied der Internationalen anglikanisch/römisch-katholischen Kommission (ARCIC) (2002 bis 2005), der Internationalen gemischten Kommission für den theologischen Dialog zwischen katholischer und orthodoxer Kirche (seit 2005) und nimmt seit Oktober 2009 als vom Vatikan ernanntes Mitglied an den Gesprächen in Lehrfragen zwischen der Bruderschaft Saint Pie X und dem Heiligen Stuhl teil.
Seit 2008 ist er Mitglied der Päpstlichen Akademie Thomas von Aquin, deren Ziel es ist, die Rolle des thomasischen Denkens in der Gesellschaft bekannt zu machen. Im April 2009 wurde er von Papst Benedikt XVI. zum Generalsekretär der Internationalen Theologischen Kommission (2009 bis 2014) und zum Konsultor der Kongregation für die Glaubenslehre ernannt. Im gleichen Jahr wurde er Rektor der Universität Thomas von Aquin-Angelicum in Rom.
Am 3. November 2011 wurde Charles Morerod zum Bischof des Bistums Lausanne, Genf und Freiburg ernannt. Die Bischofsweihe wurde von Kardinal Georges Cottier im Beisein von Kardinal William Joseph Levada erteilt und fand am 11. Dezember 2011 in der Kathedrale Freiburg statt.
Seit 2012 ist Mgr. Morerod ordentliches Mitglied der Päpstlichen Akademie für Theologie. Am 12. Juni 2012 wurde er vom Papst Benedikt XVI. zum Mitglied der Kongregation für das Katholische Bildungswesen ernannt, die dem vatikanischen «Ministerium für Bildung» entspricht und für die katholischen Schulen und Seminare in der Welt zuständig ist. Seine Amtszeit endet im Jahr 2021.
Mgr. Charles Morerod wurde zum Vizepräsidenten (2013 bis 2015) und zum Präsidenten (2016 bis 2018) der Schweizer Bischofskonferenz ernannt. Im Juli 2013 wählte ihn die Schweizer Bischofskonferenz zum Nationalpräsidenten von Catholica Unio Schweiz, einem katholischen Werk zu Unterstützung des christlichen Orients. Von 2018-2022 wurde er zum Präsidenten von Catholica Unio Internationalis ernannt.
Seit dem 14. Juli 2012 ist er Kaplan ad honorem des Malteserordens.
Am 16. Oktober 2013 erhielt Mgr. Morerod in Bern vom französischen Botschafter in der Schweiz, Michel Duclos, den Orden der Ehrenlegion im Rang eines Ritters. Er wurde dadurch für seine Jahre in Rom geehrt, wo er als Rektor und Professor Verdienste um die Frankophonie erworben hat.